À l’entrée en guerre, les navires de la SNC sont réquisitionnés par l’État et la Marine.
C’est sur le plus récent d’entre-eux, le PHRYNÉ, capitaine M. RICHEUX, que le sort s’acharne dès septembre 1939,. Alors qu’il se rend d’Immingham sur Bayonne, avec une cargaison de charbon, il saute sur une mine posée par le sous-marin allemand «U13» près de Harwich. Il gîte puis sombre. Il y a quelques blessés, qui sont, avec le reste de l’équipage, recueillis par un navire de sauvetage. Ce navire aura navigué tout juste sept mois.
Puis vient la bataille de France ; l’HÉBÉ (2) participe au ravitaillement puis à l’évacuation de la poche de Dunkerque. Pendant que les Allemands bombardent, il pénètre dans le port et évacue 346 militaires ; action courageuse pour laquelle le navire et son équipage seront décorés. L’ASTRÉE (2) et le NIOBÉ (2) qui doivent participer à l’évacuation sont retenus.
C’est un sort plus funeste qui attend NIOBÉ (2). (voir le récit très documenté par Thierry VINCENT), alors qu’il revient de Dunkerque, n’ayant pu accomplir sa mission de transport et débarquer des munitions, il fait escale au Havre pour participer à l’évacuation de la ville. Il embarque 800 réfugiés, dont le personnel médical et les patientes d’une maternité. Le 11 juin 1940, après avoir appareillé, sur rade du Havre, il est mitraillé et bombardé par des avions allemands. Deux bombes le touchent et le coupent en deux. Il y aura seulement 11 rescapés dont les matelots Joseph KERVELLA et Yves GOURMELIN.
Alors que l’armistice est signé avec les forces de l’Axe, le 26 juin, l’HONFLEURAISE saute sur une mine au Verdon. Le capitaine l’échoue, sauvant ainsi tout l’équipage.
Au moment de l’Armistice, des navires sont en Grande Bretagne, en chargement ou en réparation : DAPHNÉ (2), DANAÉ (3), DIONÉ, MÉDÉE, ÉGÉE, CIRCÉ (2). Ils sont immédiatement saisis par les autorités britanniques et confiés à des armements britanniques., leurs équipages sont conduits dans un camp où ils devront choisir de servir la Marine britannique - Vincent Girre et Robert Chevalier de l’ÉGÉE - ou être rapatriés en France,
Les autres se réfugient dans les ports au sud de la Loire : Bordeaux, Bayonne, Saint-Jean-de-Luz, ou à Marseille.
En Angleterre
En septembre 1940, le MÉDÉE, en réparation dans la Tyne, est avarié par des bombardements. Il sera réparé.
Le 5 novembre le DANAE(3), rebaptisé par les Anglais DANAE II, navigue dans le convoi HX84 (Halifax-Port Talbot), qui comporte 34 navires, lorsque celui-ci est attaqué au large de l’Irlande par le croiseur allemand ADMIRAL SCHEER. Le croiseur réussit à couler 6 navires marchands et en endommager 2 autres. Le DANAÉ a de la chance, il en réchappe.
Le 4 février 1941, le DIONÉ, rebaptisé DIONÉ II sous pavillon britannique, traînard d’un convoi Halifax-Cardiff, en février 1941, est bombardé par des avions allemands, puis achevé au canon par le sous-marin allemand U93 par 10 W.
Le 18 mars mars 1941, le DAPHNÉ II avec équipage Français Libres (F.N.F.L. - pavillon britannique), alors qu’il navigue dans le convoi côtier TG32 de Londres sur la Tyne est touché à l’arrière par une torpille lancée par une vedette allemande. Il sombre, mais tous les hommes sont sauvés. (voir La Marine Marchande Française - 1940-1942 - de Marc SAIBÈNE, Jean-Yves BROUARD, Guy MERCIER - Marines édition et le récit de Georges BON-MARDION, officier radio sur ses embarquements sur les DAPHNÉ et ÉGÉE)
Les trois autres navires termineront la guerre, les ÉGÉE et CIRCÉ (2) participant même au ravitaillement du débarquement de Normandie.
En France
Les navires resté sous administration française, participent d’abord à l’approvisionnement de la France métropolitaine à partir des ports français d’outre-mer, en particulier méditerranéens.
Ils sont soumis aux pressions et même aux attaques des navires et avions britanniques. Ce pays considérant qu’ils travaillent au ravitaillement du Reich en matières premières .
Afin de gérer cette flotte, qui ne fréquente en France que les ports du Midi, la SNC établit une antenne à.Marseille
Avec les accords Laval/Kaufmann, en novembre 1942, après l’invasion de la zone libre, l’État français doit céder - ils sont, soit-disant affrétés coque-nue - les ASTRÉE (2), HÉBÉ (2), SENNEVILLE, COLLEVILLE, NANTAISE, THÉSÉE, THISBÉ (3) aux allemands ou aux italiens. Ces navires seront coulés en mer par les forces alliées, ou sabordés dans le port de Marseille au moment de l’évacuation du sud de la France par les Allemands.
Seul le GALLIUM, qui se trouve en Algérie au moment du débarquement des Alliés en A.F.N, échappe à ces sorts funestes. Il passe alors au Ministère des Transports, sous le pavillon F.N.F.L.
M. Gaston LAMY - qui est consul de Suède à Caen - est emprisonné plusieurs mois par la Gestapo, à Rouen. Il est libéré sur l’intervention de M. Nordling, le consul de Suède à Paris.
À la libération la SNC ne récupère que 5 navires, qui ont beaucoup souffert d’un manque d’entretien. Elle n’a plus son siège de Caen, qui a été détruit au cours des violents bombardements de la ville en juin 1944.
